Budowa:
po 1356.
Kościół został ufundowany przez księcia mazowieckiego Siemowita III i jego żonę Eufemię.
Pierwotnie posiadał prezbiterium przy ulicy Piwnej.
W latach 1441-44 przy kościele działał Szpital św. Ducha.
Spalony w 1478, odbudowany ze składek wiernych.
Przebudowy:
przebudowany w 1552.
na przełomie XV i XVI w., obok kościoła wzniesiono klasztor.
W latach 1632-35 kościoł przebudowany, otrzymał elewację od strony Piwnej.
W latach 30-tych XVIII w. rozbudowany w formę 3-nawowej bazyliki (być może wg projekt K. Baya) i otrzymał nową fasadę.
Kościół od XVI do XVIII w. był siedzibą sejmików województwa mazowieckiego.
Zniszczony:
uszkodzony w 1939, zniszczony w 1944.
Odbudowa:
w latach 1945-55 według projektu Jana Grudzińskiego, w 2009 odtworzono rzeźby zdobiące elewację kościoła.
