Budowa:
ukończona w 1626.
Po kasacie zakonu Jezuitów w 1773 kościół w 1781 został przekazany bractwu św. Benona.
W 1808 kongregacja Benonitów została usunięta z Warszawy, a kościół przekazano oo. Paulinom. Niestety klasztor wkrótce został skasowany przez władze carskie, a kościół zaczął coraz bardziej niszczeć. Początkowo służył jako skład rzeczy przy katedrze, a od 1828 należąc do Banku Polskiego mieścił skład wełny.
Od 1834 kościół w rękach oo. Pijarów (w zamian odebranego kościoła przy Długiej).
Odrestaurowany:
w 1836 według projektu A. Kropiwnickiego (częściowa przebudowa - m.in. nowy ołtarz i chór).
Od 1866 po kasacie zakonu Pijarów pod zarządem katedry.
Od 1920 ponownie w rękach oo. Jezuitów.
Zniszczony:
wysadzony przez Niemców w 1944.
Odbudowa:
rozpoczęta w 1949 według projektu L. Dunina i S. Marzyńskiego została ukończona w 1975.
