Król Zygmunt III, oblegając w czasie jednej z swych wypraw znaczną twierdzę, obwarowaną sztuką i bronioną siłą, natrafił na wiele trudności w jej dobywaniu i widział codziennie niemałą stratę walecznych swych wojowników. Dnia pewnego, przypatrując się twierdzy z polskiemi pany, zachęcał ich do wytrwania i oświadczył zebranym wodzom, it wystawi kościół w stolicy na cześć tego świętego, w którego dzień nastąpi zajęcie. Męztwo i odwaga zdobyły twierdzę, a Zygmunt spełnił swe śluby.
Za powrotem jego do Warszawy wniesiono na sejmie, ażeby wystawić kościół wraz z klasztorem dla księży reformatów, którzy właśnie świeżo do Polski sprowadzeni zostali. Dano im do wyboru dwa miejsca, jedno na Krakowskiem przedmieściu, a drugie zwane podówczas na piasku albo obozem królewskim. Księża obrali to ostatnie. Jakoż d. 4 października 1623 roku nastąpiła erekcya. Sam monarcha z małżonką swoją Konstancyą, z Władysławem, Janem Kaźmirzem, Albertem, Karolem synami i Konstancyą córką, z licznem duchowieństwem, senatorami i panami, przybył na wyznaczone miejsce. Byli także obecnymi Jan Lancelloti nuncyusz apostolski, oraz Jan de Altieri audytor generalny, który potem został obrany papieżom i słynął w dziejach jako Klemens X. Andrzej Lipski, biskup kujawski kanclerz w. kor., przybrany w apparat kościelny, poświęciwszy krzyż na znak erekcyi, własnemi dotknął go ramionami, a do wzniesienia go monarcha z pienwszymi dygnitarzami pobożnie dopomagał. Obrzędu tego dopełniono z zadziwieniem widzów, których rozrzewniała pobożność obecnego króla i jego dostojnej rodziny, jak o tem wspomina współczesny kronikarz tego klasztoru.
Po skończonym obrzędzie mówił monarcha z ojcem Aleksandrem Patavinem, kommissarzem wyznaczonym do wprowadzenia oo. reformatów w Polsce, ażeby na tem poświęconem miejscu stanął kościół drewniany, pod wezwaniem św. Antoniego, jako ślub przez niego uczyniony. Kiedy kościół już był rozpoczęty i znaczna część klasztoru wystawiona, wydał dnia 13 marca 1624 r. postanowienie na wszelkie grunta i ogrody, ażeby te wieczyście wspomnieni zakonnicy spokojnie bez żadnych przeszkód posiadali. Poświęcenie atoli pierwszego kościoła nastąpiło dopiero 13 maja 1635 r., odbyte przez księdza Jana Baltazara Liesch z Hornawy, biskupa nikopolitańskiego, sufragana wrocławskiego na Szlązku, który podtenczas bawił w Warszawie. Tak klasztor jak i kościół oo. reformatów pierwiastkowo były bardzo małe i skromne, gdyż kościół zawierał w sobie tylko trzy ołtarze, a w klasztorze, oprócz refektarza, zaledwie było dziewięć szczupłych celek dla zakonników. W spokojnem więc posiadaniu byli ubodzy ci ojcowie przez cały przeciąg panowania Władysława IV. Wypadki za Jana Każmirza nie przepuściły i temu schronieniu. Szwedzi jednak nie dali im się tak bardzo we znaki, jak ów nieszczęsny Rakoczy. Wojsko jego złożone z rozmaitych narodów, złupiło cały kościół i klasztor. Srebra, ornaty, kapy, bieliznę kościelną, a nawet naczynia miedziane, wszystko uniósł nieprzyjaciel. Zabrał także obraz z wielkiego ołtarza, z wiszącemi na nim wszystkiemi wotami. Tego łupieztwa dopuścili się Siedmiogrodzianie podstępnie; nie rzucając się bowiem przez kilka dni po zajęciu Warszawy na świątynie pańskie, czekali aż duchowieństwo świeckie i zakonne, ubezpieczone ludzkiem niby postępowaniem nieprzyjaciół, dobędzie zachowanych w rozmaitych kryjówkach kosztownych sprzętów kościelnych. Tak też sobie postąpili księża reformaci. W wilią św. Antoniego patrona kościoła, chcąc nazajutrz odprawić uroczysty odpust, powyciągali z kryjówek srebra kościelne, apparaty i t. p. Wtedy to Siedmiogrodzianie wpadli do kościoła i klasztoru i złupili obadwa gmachy do szczętu.
Po uśmierzeniu owej straszliwej dla kraju burzy, księża reformaci rekoncyliowali swój kościołek, naprawili to co w nim i w klasztorze nieprzyjaciel uszkodził, a pobożni zaopatrzyli znowu świątynię w aparaty, srebra i t. p.
Tak było aż do panowania Jana 1II Sobieskiego, w którym to czasie Stanisław Leszczyc Starzewski kasztelan wojnicki, kazawszy rozebrać dawny drewniany kościołek, rozpoczął budowę teraźniejszego murowanego w roku 1671 dnia 15 maja, jak świadczą umowy z rozmaitymi rzemieślnikami w tym czasie zawarte, a w archiwum klasztornem dotąd przechowane. Ukończono go w siedm lat, a konsekracya odbyła się 12 sierpnia 1679 r., przez Stefana z Wielkich Chrząstów Wierzbowskiego biskupa poznańskiego. W późniejszych czasach do ozdób przyłożył się król Jan III, oraz Piotr z Bojanowa Bojanowski podczaszy płocki, którego zwłoki tu spoczywają; on to bowiem przed zgonem poczynił znaczne ofiary. Zakonnicy sami łożyli na wewnętrzne przyozdobienie kościoła, którego bardziej szczegółowy opis, równie jak wiadomość o zabytkach i pomnikach w tej świątyni znajdujących się, w dalszym ciągu podamy, gdy będziemy mieli sposobność przedstawić wizerunek jej wnętrza.
Murowany kościół jest pod wezwaniem św. Antoniego, tak jak Zygmunt III postanowił. Ma on skromną facyatę, płaskosłupami ozdobioną; w środku jej, okno dające światło na chór, a w niem szyby wielokolorowe, podczas ostatniej restauracyi wstawione, z krzyżem i napisem 1850 roku. Jednocześnie nad tem oknem, w okrągłej niszy u góry pod wiązaniem, umieszczony został obraz Boga Rodzicy na tle złotem, przez Rafała Hadziewicza malowany. Nade drzwiami głównemi pod frontonikiem napisy na kamieniu wykute, ogłaszają tytuł kościoła i rok poświęcenia.
Przykładne życie oo. reformatów, pilne przestrzeganie reguły, utrzymanie wzorowego porządku w kościele, regularne nabożeństwa, gorliwość kaznodziei, poświęcanie się użytecznym pracom w chwilach wolnych od chwały Najwyższego, jednały im w każdym czasie względy panujących i zaufanie wszelkich klass obywateli, a tem samem pomnażały liczbę dobroczyńców i opiekunów. Jak wspomnieliśmy, król Jan Kaźmirz przyłożył się także i do budowania klasztoru. W roku 1668 wydał on do starosty kozienickiego polecenie, ażeby drzewo z lasów królewskich na budowę księżom reformatom Wisłą do Warszawy dostawiono; potwierdził nadto darowiznę dla tych zakonników przez ojca uczynioną, wydając nowe przywileje, gdyż pierwotne w czasie rabunku siedmiogrodzkiego zaginęły. Następcy jego własność księżom reformatom nienaruszoną przyznali. Całkowite jednak ukończenie teraźniejszego klasztoru nastąpiło dopiero w r. 1722, a to dla rozmaitych przeszkód. Budowa jego jest w formie kwadratu o piętrze, z ramieniem jednem przedłużonem; na ścianach klasztoru i kościoła z rozmaitych stron znajdują się kompasy, robione ręką jednego z zakonników.
Ogród będący przy klasztorze był dawniej bardzo rozległy. Za Augusta II opisujący Warszawę Dr. Erndtel wspomina, iż orzechy włoskie za jego czasów w tem tylko miejscu się znajdowały. Lubomirski podskarbi koronny wystawił budynek murowany w ogrodzie tych ojców i darował im go później 1699 roku. W tem schronieniu Jan III, a następnie August II, w czasie wielkiego postu oddawali się pobożnym rozmyślaniom i przygotowaniu do kommunii świętej.
Stanisław August także się opiekował reformatami warszawskimi i tu ślady swój hojności zostawił. Rad przebywał w klasztorze, a szczególniej polubił gwardyana Roszkowskiego. Razu pewnego przybył niespodzianie z licznym orszakiem do refektarza. Było to we czwartek po Wielkie]nocy. Udawszy się na górę do przełożonego, oświadczył iż przybył na święcone, ale nie sam, tylko w znacznem towarzystwie. Zmieszał się nieprzygotowany zakonnik, a uprzejmy monarcha wezwał go do refektarza. Jakież było zadziwienie gwardyana, gdy ujrzał licznych panów i bogato nakryte stoły, do których na posiłek wezwał łagodny głos króla. Stało się zadosyć woli monarszej, a król odchodząc ofiarował cały serwis srebrny na 50 osób dla klasztoru. 00. reformaci użyli otrzymanego ztąd funduszu na opasanie wysokim murem rozległego ogrodu, gdzie dawniej parkan szpecił publiczną ulicę i na wystawienie dwóch murowanych galeryj od ulicy Senatorskiej przy wejściu do kościoła, pomiędzy któremi krata oddziela cmentarz od ulicy.
Tam w środku przy samej kracie wznosi się teraz statua z ciosu Najświętszej Panny Niepokalanego poczęcia, wykonana w r. 1851 przez Antoniego Messinga z pobożnych ofiar zebranych staraniem ks. Józefa Czapskiego, b. gwardyana tutejszego klasztoru. Całej postawie Bogarodzicy artysta nadać umiał cechę świętobliwości, jaką tylko tego rodzaju dzieło zdolne jest natchnąć. W obliczu N. Panny maluje się wyraz niebiańskiej dobroci, a głowę jej okala promienisty, gwiazdami otoczony okrąg. Ta piękna postać, co noc oświetlana, uroczy sprawia widok i do pobożnych myśli skłania przechodzących. Pierwszy ten pomysł oświetlania statui przed kościołem w sposób podobny, światłem padającem z latarń ukośnie postawionych, z trzech stron nieprzejrzystych, a więc dla przechodniów prawie niewidzialnych, należy się oo. reformatom w Warszawie, za których przykładem poszły później i inne tutejsze świątynie.