W miejscu, w którym stoi Pałac Staszica, rozegrały się kiedyś wydarzenia bardzo dramatyczne. W roku 1611 wojska polskie dowodzone przez hetmana Stanisława Żółkiewskiego wygrały z Rosją bitwę pod Kłuszynem, a cara Szujskiego, wraz z braćmi przyprowadzono do Warszawy jako jeńców.
Ukorzyli się przed obliczem króla Zygmunta III Wazy, który zrobił wszystko, co należało, by nie uchybić ich wielkiej godności. Umieszczeni na zamku w Gostyninie dokonali życia w warunkach bardzo dobrych. Zmarli prawdopodobnie na panującą wtedy dżumę, która w ówczesnej Europie zbierała straszliwie żniwo.
Tymczasem Polacy oblegający Kreml poddali się. Zmusił ich do tego głód. Carem ogłoszono syna wywiezionego do Polski metropolity Filareta, Michała Romanowa, który dał początek panującej trzysta lat dynastii.
Polski monarcha uszanował godność swoich jeńców i po ich śmierci kazał pochować w wybudowanej specjalnie na Krakowskim Przedmieściu kaplicy nazwanej moskiewską. Gdy syn i następca na tronie Zygmunta III – Władysław IV przejął władzę po ojcu, polecił przewieźć do Rosji urny z prochami zmarłych. Gest ten, iście królewski, został przez Moskwę doceniony. Kaplicę na Krakowskim Przedmieściu zamknięto.
Na początku XVIII wieku architekt Tylman z Gameren wzniósł w tym miejscu kościół Dominikanów Obserwantów i tak opasał go murami, że kaplica została przez nową świątynię otoczona, jakby przez nią wchłonięta, stając się tym samym jej częścią.
W czasie jednego z porannych nabożeństw (były to już pierwsze lata XIX wieku) młody ksiądz odprawiający nabożeństwo, popełnił przy ołtarzu samobójstwo, prawdopodobnie strzelając do siebie. Tumult się i wrzawa uczyniły strasznie, ludzie szlochami i padali sobie w ramiona, nie mogąc pojąć ogromu tragedii. Przed świątynią zaczęły gromadzić się tłumy tak liczne, że władze nakazały rychłe zamknięcie kościoła, a potem rozebranie go aż do fundamentów. Sprężyną tych decyzji był wielki książę Konstanty.
W latach 1823-25 Antonio Corazzi wzniósł w tym samym miejscu pałac nazwany imieniem Staszica, gdyż Staszic był jego fundatorem. Wygrał na wiedeńskiej giełdzie spore pieniądze i przeznaczył je na budowę siedziby dla Towarzystwa Przyjaciół Nauk (grając na giełdzie siedział nieraz obok samej cesarzowej. Wrażenia z tej „znajomości” utrwalił, pisząc w raptularzyku: „Cesarzowa paskudna. Nie ma ani jednego zęba…).
Pałac Staszica różne miewał przeznaczenia. Mieściło się tu Pierwsze Rosyjskie Gimnazjum Męskie, kaplica prawosławna i rozmaite rosyjskie instytucje. Władimir Pokrowski przebudował budynek na jadowicie kolorowe monstrum, i w tym stanie dotrwał aż do odzyskania przez Polskę niepodległości, kiedy to Marian Lalewicz przywrócił pałacowi klasycystyczną elewację.
Po wojnie, z ruin wzniesiony pod kierunkiem profesora Piotra Biegańskiego stał się siedzibą Polskiej Akademii Nauk.